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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
01/02/2018 |
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Data da última atualização: |
30/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
KASARAPU, P.; PORTO-NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A. |
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Afiliação: |
PARTHAN KASARAPU, CSIRO; LAERCIO RIBEIRO PORTO-NETO, CSIRO; MARINA R. S. FORTES, University of Queensland; SIGRID A. LEHNER, CSIRO; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; LUIZ COUTINHO, Esalq/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; ANDREW GEORGE, CSIRO; ANTONIO REVERTER, CSIRO. |
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Título: |
The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 12, n. 8, p. 1-20, 2017. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0181930 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Artigo e0181930. Na publicação: Mauricio A. Mudadu, Luciana Regitano. |
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Conteúdo: |
Numerical approaches to high-density single nucleotide polymorphism (SNP) data are often employed independently to address individual questions. We linked independent approaches in a bioinformatics pipeline for further insight. The pipeline driven by heterozygosity and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) analyses was applied to characterize Bos taurus and Bos indicus ancestry. We infer a gene co-heterozygosity network that regulates bovine fertility, from data on 18,363 cattle with genotypes for 729,068 SNP. Hierarchical clustering separated populations according to Bos taurus and Bos indicus ancestry. The weights of the first principal component were subjected to Normal mixture modelling allowing the estimation of a gene's contribution to the Bos taurus-Bos indicus axis. We used deviation from HWE, contribution to Bos indicus content and association to fertility traits to select 1,284 genes. With this set, we developed a co-heterozygosity network where the group of genes annotated as fertility-related had significantly higher Bos indicus content compared to other functional classes of genes, while the group of genes associated with milk production had significantly higher Bos taurus content. The network analysis resulted in capturing novel gene associations of relevance to bovine domestication events. We report transcription factors that are likely to regulate genes associated with cattle domestication and tropical adaptation. Our pipeline can be generalized to any scenarios where population structure requires scrutiny at the molecular level, particularly in the presence of a priori set of genes known to impact a phenotype of evolutionary interest such as fertility. MenosNumerical approaches to high-density single nucleotide polymorphism (SNP) data are often employed independently to address individual questions. We linked independent approaches in a bioinformatics pipeline for further insight. The pipeline driven by heterozygosity and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) analyses was applied to characterize Bos taurus and Bos indicus ancestry. We infer a gene co-heterozygosity network that regulates bovine fertility, from data on 18,363 cattle with genotypes for 729,068 SNP. Hierarchical clustering separated populations according to Bos taurus and Bos indicus ancestry. The weights of the first principal component were subjected to Normal mixture modelling allowing the estimation of a gene's contribution to the Bos taurus-Bos indicus axis. We used deviation from HWE, contribution to Bos indicus content and association to fertility traits to select 1,284 genes. With this set, we developed a co-heterozygosity network where the group of genes annotated as fertility-related had significantly higher Bos indicus content compared to other functional classes of genes, while the group of genes associated with milk production had significantly higher Bos taurus content. The network analysis resulted in capturing novel gene associations of relevance to bovine domestication events. We report transcription factors that are likely to regulate genes associated with cattle domestication and tropical adaptation. Our pipeline can be generalized to any scenarios w... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Hardy-Weinberg equilibrium; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Bos indicus; Bos taurus. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171999/1/AP-Bostaurus-PlosOne.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
21/08/2013 |
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Data da última atualização: |
05/02/2015 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
BEZERRA, V. S.; MATTIETTO, R. de A.; COELHO, E. A.; AGUIAR, F. F. de. |
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Afiliação: |
VALERIA SALDANHA BEZERRA, CPAF-AP; RAFAELLA DE ANDRADE MATTIETTO, CPATU; EDNEI ASSUNÇÃO ANTUNES COELHO, Faculdade Seama, Macapá, AP.; FABIO FERREIRA DE AGUIAR, Faculdade Seama, Macapa, AP. |
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Título: |
Pasteurização do leite-do-amapá in natura para controle do escurecimento enzimático. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Ciência Rural, Santa Maria, v. 43, n .9, p.1715-1720, set. 2013. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O extrato do amapazeiro (Brosimum parinarioides Ducke), conhecido como leite-do-amapá, é utilizado pelas populações amazônicas como fonte alimentar e medicinal. A rápida alteração de cor do látex após extração representa a presença de enzimas como polifenoloxidase (PPO) e peroxidase (POD), escurecendo o produto in natura e desqualificando-o para comercialização. Desse modo, este trabalho objetivou a avaliação da atividade das enzimas PPO e POD em três amostras de leite-do-amapá resfriadas a 8°C, coletadas em amapazeiros em Moju (PA), e onze amostras de leite-do-amapá após o processo de pasteurização em diversos binômios tempo/temperatura e posteriormente resfriadas a 8°C, visando à otimização da conservação do produto in natura. Após resfriamento a 8°C, as amostras de leite-do-amapá in natura apresentaram diferença significativa entre os valores de atividade da enzima POD e, posteriormente observou-se elevação dessa atividade durante os períodos de tempo analisados. Como também se observou atividade da enzima PPO nas mesmas amostras, constata-se que esse tipo de conservação não foi efi ciente para as enzimas POD e PPO para leite-do-amapá. As amostras pasteurizadas de leite-do-amapá, e posteriormente resfriadas, apresentaram atividades das enzimas POD e PPO significativamente diferenciadas da respectiva amostra controle (sem pasteurização), concluindo que a pasteurização nos binômios estudados, aliada ao resfriamento, foi eficaz na diminuição da atividade das enzimas peroxidase e polifenoloxidase, alcançando-se a inativação destas, podendo ser um processo potencial para conservação desse produto. MenosO extrato do amapazeiro (Brosimum parinarioides Ducke), conhecido como leite-do-amapá, é utilizado pelas populações amazônicas como fonte alimentar e medicinal. A rápida alteração de cor do látex após extração representa a presença de enzimas como polifenoloxidase (PPO) e peroxidase (POD), escurecendo o produto in natura e desqualificando-o para comercialização. Desse modo, este trabalho objetivou a avaliação da atividade das enzimas PPO e POD em três amostras de leite-do-amapá resfriadas a 8°C, coletadas em amapazeiros em Moju (PA), e onze amostras de leite-do-amapá após o processo de pasteurização em diversos binômios tempo/temperatura e posteriormente resfriadas a 8°C, visando à otimização da conservação do produto in natura. Após resfriamento a 8°C, as amostras de leite-do-amapá in natura apresentaram diferença significativa entre os valores de atividade da enzima POD e, posteriormente observou-se elevação dessa atividade durante os períodos de tempo analisados. Como também se observou atividade da enzima PPO nas mesmas amostras, constata-se que esse tipo de conservação não foi efi ciente para as enzimas POD e PPO para leite-do-amapá. As amostras pasteurizadas de leite-do-amapá, e posteriormente resfriadas, apresentaram atividades das enzimas POD e PPO significativamente diferenciadas da respectiva amostra controle (sem pasteurização), concluindo que a pasteurização nos binômios estudados, aliada ao resfriamento, foi eficaz na diminuição da atividade das enzimas peroxida... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Alimento animal; Escurecimento; Leite; Resfriamento. |
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Categoria do assunto: |
--
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/88269/1/CPAF-AP-2013-Pausterizacao-leite-do-amapa.pdf
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Marc: |
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260 $c2013
520 $aO extrato do amapazeiro (Brosimum parinarioides Ducke), conhecido como leite-do-amapá, é utilizado pelas populações amazônicas como fonte alimentar e medicinal. A rápida alteração de cor do látex após extração representa a presença de enzimas como polifenoloxidase (PPO) e peroxidase (POD), escurecendo o produto in natura e desqualificando-o para comercialização. Desse modo, este trabalho objetivou a avaliação da atividade das enzimas PPO e POD em três amostras de leite-do-amapá resfriadas a 8°C, coletadas em amapazeiros em Moju (PA), e onze amostras de leite-do-amapá após o processo de pasteurização em diversos binômios tempo/temperatura e posteriormente resfriadas a 8°C, visando à otimização da conservação do produto in natura. Após resfriamento a 8°C, as amostras de leite-do-amapá in natura apresentaram diferença significativa entre os valores de atividade da enzima POD e, posteriormente observou-se elevação dessa atividade durante os períodos de tempo analisados. Como também se observou atividade da enzima PPO nas mesmas amostras, constata-se que esse tipo de conservação não foi efi ciente para as enzimas POD e PPO para leite-do-amapá. As amostras pasteurizadas de leite-do-amapá, e posteriormente resfriadas, apresentaram atividades das enzimas POD e PPO significativamente diferenciadas da respectiva amostra controle (sem pasteurização), concluindo que a pasteurização nos binômios estudados, aliada ao resfriamento, foi eficaz na diminuição da atividade das enzimas peroxidase e polifenoloxidase, alcançando-se a inativação destas, podendo ser um processo potencial para conservação desse produto.
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Registro original: |
Embrapa Amapá (CPAF-AP) |
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